Protoolsの仕様で、OUTが32CHまでしか設定出来ない為に発生している事項になります。

ApolloのConsole SettingsのCORE AUDIOのOUTPUTSを32（PTMODE）で設定した後に、DEVICEが1台目のApolloのみで32OUT表示されますのでVIRTUALなどOUTで利用しないもののOUTPUTをAPOLLO8-2の任意のOUTPUTを選んでください。